Zum Sammlungsbestand des Seemuseums gehören die verschiedensten Objekte mit einem engen und vielfältigen Bezug zum Bodensee: Fischerboote, Netze und Reusen, limnologische Geräte, verschiedene Schiffsantriebe und Segel, Archivalien, Gemälde, Grafiken und Fotografien und anderes mehr. Die ältesten Sammlungsgegenstände gehen bis ins 17. Jahrhundert zurück, die meisten stammen aus dem 19. und 20. Jahrhundert. Das Seemuseum bewahrt eine Sammlung von Modellen alter Bodenseeschiffe: von hölzernen Lastsegelschiffen über Dampfschiffe des 19. und 20. Jahrhunderts bis zu den Motorschiffen der österreichischen, deutschen und schweizerischen Schiffsbetriebe. Die Inventarisierung der Sammlungen ist in Vorbereitung.